Sobre el origen de Ponferrada, existen algunos indicios de que en el lugar en que se encuentra hubo asentamientos neolíticos, de la edad del hierro y de la época romana pero, no hay constancia documental hasta finales del siglo XI (hacia 1082), cuando el obispo de Astorga Osmundo, ordena construir un puente sobre el río Sil para facilitar el paso de los peregrinos a Santiago de Compostela. El puente se reforzó con hierro de ahí el nombre de  "Pons-Ferrata". En 1086 se funda la iglesia de San Pedro y a su alrededor surge una población que pasa a llamarse "La Puebla de San Pedro" que posteriormente cambia su nombre a "Ponte Ferrato" y por último al de Ponferrada.

En el siglo XII, Alfonso XI dona Ponferrada a los Templarios para que protejan a los peregrinos. Según la tradición, hacia el año 1200, los templarios encontraron la imagen de la Virgen de la Encina, patrona del Bierzo, en el hueco de una encina.

Durante los siglos XIII y XIV la población crece y se construye una muralla con cuatro puertas. En 1312 se disuelve la Orden del Temple y Ponferrada pasa a depender del linaje de los Castro hasta 1374, cuando al fallecer Juana de Castro sin descendencia, Ponferrada pasa a ser propiedad de la Corona. En 1456 con Pedro Álvarez Osorio Ponferrada pasa a formar parte del Condado de Lemos. En 1483 al morir Pedro Álvarez Osorio se produce una disputa por su herencia entre sus herederos, lo cual, obliga a  intervenir a los Reyes Católicos, resultando al final que Ponferrada pasa a depender nuevamente de la Corona, la cual, nombra un corregidor en la villa, siendo Juan Torres el primero.

A partir de las Cortes de 1425, las localidades del actual municipio de Ponferrada pasaron a estar representadas por León, lo que les hizo formar parte de la provincia de León en la Edad Moderna, encabezando no obstante Ponferrada un partido propio dentro de esta, denominado provincia del Vierzo.

en 1821 Ponferrada y el resto de localidades del municipio pasaron a formar parte de la provincia de Villafranca, si bien al perder ésta su estatus provincial al finalizar el Trienio Liberal, en la división de 1833 pasaron a estar adscritas a la provincia de León, dentro de la Región Leonesa.

El 4 de septiembre de 1908 el rey Alfonso XIII concedió a Ponferrada el título de ciudad,​ coincidiendo con el centenario de la coronación de la Virgen de la Encina como patrona de la comarca.

Inicialmente Ponferrada tenía una población agrícola pero a comienzos del siglo XX se descubren y empiezan a explotarse las minas de carbón y hierro que junto con a la instalación en 1949 de la central térmica de Endesa, producen un gran desarrollo económico y el crecimiento de la ciudad.